Tο ΥΠ.Π.Ε.Θ. δεν προχωρά στην κατάργηση των Τμημάτων Ένταξης, ούτε ακυρώνει το έργο και την προσφορά των εκπαιδευτικών που εργάζονται σε αυτές τις δομές Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης (ΕΑΕ). Αντίθετα ενισχύει την συνεργασία ανάμεσα στις δύο δομές καθώς τα Τμήματα Ένταξης είναι ενταγμένα στην σχολική μαθητική ζωή και στην μαθησιακή διαδικασία. Από την εν λόγω συνεργασία μόνο οφέλη μπορούν να προκύψουν για τις ιδιαιτέρες εκπαιδευτικές ανάγκες των μαθητών αλλά και για τον τρόπο που συνυπάρχουν όλα τα παιδιά μέσα στον χώρο του σχολείου.  

Τα πιο πάνω αναφέρονται από τον Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων Νίκο Φίλη σε γραπτή του απάντηση στη Βουλή. Σε αυτήν επισημαίνεται ότι η τροπολογία για τα Τμήματα Ένταξης, που περιλαμβάνεται στο άρθρο 82 του Ν.4368/2016 (ΦΕΚ Α 21/21-02-2016), είναι στην ουσία μια προσθήκη στον ισχύοντα νόμο, με την οποία δίνεται έμφαση στην ενδυνάμωση της συνεργασίας μεταξύ των εκπαιδευτικών που διδάσκουν σε γενική τάξη και των εκπαιδευτικών που διδάσκουν στα Τμήματα Ένταξης. Η συνεργασία αυτή υφίσταται ήδη, όμως θα πρέπει να θεσμοθετηθεί αναφερόμενη ρητά και προσδιοριζόμενη σε σαφές νομοθετικό πλαίσιο ώστε να διευκολύνεται.

Τέλος, το ΥΠΠΕΘ έχει στόχο να αναβαθμίσει τη λειτουργία των Τμημάτων Ένταξης επιμορφώνοντας τους εκπαιδευτικούς σε θέματα συνδιδασκαλίας και διαφοροποιημένης διδασκαλίας, με αποτέλεσμα οι εμπλεκόμενοι εκπαιδευτικοί να αποκτήσουν τη γνώση και ευχέρεια προσαρμογής της διδακτικής τους μεθόδου, τοποθετώντας τον κάθε μαθητή στο κέντρο του μαθησιακού σχεδιασμού, αναγνωρίζοντας τη διαφορετική ετοιμότητα του καθενός, στο πλαίσιο των Τμημάτων Ένταξης που αποτελούν πρωτίστως τάξεις μικτών ικανοτήτων.